
Birinci Dünya Savaşı başlayınca İttihat ve Terakki Hükümeti'nin Almanya'nın yanında savaşa girmesiyle Mustafa Kemal Gelibolu'da İtilaf Devletlerine karşı Anafartalar,Conkbayırı ve öteki cephelerde kahramanca savaştı.Diyarbakır'da Kazım Karabekirle birlikte Muş'u ve Bitlis'i düşman işgalinden kurtardı.
Alman imparatorunun davet ettiği veliaht Vahdettinle beraber Almanya'ya gitti ve yol boyunca savaşın Osmanlı İmparatorluğu'na verebileceği zararları anlattı.Vahdettin tahta çıkınca cephenin İngiliz saldırısı karşısında yıkılması ve Almanya'nın barış istemesi üzerine hemen yeni kurulan hükümetin müttefiklerinden ayrı bir ateşkes antlaşması imzalamasını istedi.
İtilaf devletlerinin 13 Kasım 1918'de İstanbul'u işgal etmeleri üzerine İstanbul'a dönüp Anadolu'ya geçme olanakları aramaya başladı.
İngilizlerin Samsun dolaylarında Türkler ve Rum çeteleri arasındaki çatışmaları durdurulması istemeleri üzerine tam yetkiyle Samsun ' a gitti ve böylece aradığı fırsatı bulmuş oldu .
19 Mayıs 1919 ' da Samsun ' a ayak bastıktan sonra ilk iş olarak Anadolu ve Trakya ' da ayakta kalmış birlik ve cemiyetlerle irtibat kurdu . Havza ve Amasya ' da görüşmelerini sürdürdü . 3 Temmuz ' da "Vilayatı Şarkiye Müdafaayı Milliye Cemiyeti " nin verdiği kongreye katıldığı sıralarda İstanbul Hükümeti ' nin yaptığı işlerden şüphelendiiğini anlayıp istifa etti . ( 7 Temmuz 1919 ) 23 Temmuz - 7 Ağustos arasında yapılan Erzurum kongresinde başkan olarak alınan kararları açıkladı .
20 - 22 Ekim tarihleri arasında yeni kurulan Ali Rıza Paşa hükümetinin temsilciler kuruluyla görüşmesi için gönderdiği Salih Paşa ile Amasya ' da buluşarak Amasya Protokollerini imzaladı .

